Từ thập niên 1960, mối đe dọa lớn nhất đối với đền Parthenon là môi trường. Thành phố Athena đã phát triển nhanh từ sau Chiến tranh thế giới thứ hai và đã có vấn đề trong việc tắc nghẽn giao thông và ô nhiễm không khí. Những miếng đá cẩm thạch bị ăn mòn bởi mưa axit, được gây ra bởi những loại khí thải ra từ động cơ ô tô, nó đe dọa các tác phẩm điêu khắc của công trình và bản thân công trình. Qua 20 năm, chính phủ Hy Lạp và thành phố Athena đã cho tiến hành một vài chương trình để ngăn chặn việc này, nhưng tương lai của Parthenon vẫn còn là một vấn đề cần quan tâm.